1．透射式熒光顯微鏡：激(ji)發(fa)光(guang)(guang)源是(shi)通(tong)過聚光(guang)(guang)鏡(jing)穿過標(biao)本材料(liao)來激(ji)發(fa)熒光(guang)(guang)的(de)。常用暗視野集(ji)光(guang)(guang)器，也可(ke)用普通(tong)集(ji)光(guang)(guang)器，調節反光(guang)(guang)鏡(jing)使(shi)激(ji)發(fa)光(guang)(guang)轉射和旁(pang)射到標(biao)本上．這是(shi)比較(jiao)舊(jiu)式的(de)熒光(guang)(guang)顯微(wei)鏡(jing)。其(qi)優點(dian)是(shi)低倍鏡(jing)時熒光(guang)(guang)強(qiang)，而缺點(dian)是(shi)隨放大倍數增加其(qi)熒光(guang)(guang)減弱．所以(yi)對觀察較(jiao)大的(de)標(biao)本材料(liao)較(jiao)好。

2．落射式熒光顯微鏡：這(zhe)是近代發(fa)展(zhan)起來(lai)的(de)(de)新式熒(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)顯微鏡(jing)，與上(shang)(shang)不同(tong)處是激(ji)發(fa)光(guang)(guang)(guang)(guang)從(cong)物(wu)(wu)(wu)鏡(jing)向(xiang)下(xia)落射(she)到標本表(biao)(biao)面，即用同(tong)一(yi)物(wu)(wu)(wu)鏡(jing)作為照(zhao)(zhao)明聚光(guang)(guang)(guang)(guang)器(qi)(qi)和收(shou)集熒(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)的(de)(de)物(wu)(wu)(wu)鏡(jing)。光(guang)(guang)(guang)(guang)路中需(xu)加上(shang)(shang)一(yi)個雙色(se)束分離(li)(li)器(qi)(qi)，它(ta)與光(guang)(guang)(guang)(guang)鈾呈45度角，激(ji)發(fa)光(guang)(guang)(guang)(guang)被反(fan)射(she)到物(wu)(wu)(wu)鏡(jing)中，并聚集在樣品(pin)上(shang)(shang)，樣品(pin)所產(chan)生的(de)(de)熒(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)以及由(you)物(wu)(wu)(wu)鏡(jing)透(tou)鏡(jing)表(biao)(biao)面、蓋玻片(pian)表(biao)(biao)面反(fan)射(she)的(de)(de)激(ji)發(fa)光(guang)(guang)(guang)(guang)同(tong)時(shi)進入物(wu)(wu)(wu)鏡(jing)，反(fan)回到雙色(se)束分離(li)(li)器(qi)(qi)，使激(ji)發(fa)光(guang)(guang)(guang)(guang)和熒(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)分開，殘余激(ji)發(fa)光(guang)(guang)(guang)(guang)再被阻(zu)斷濾(lv)片(pian)吸收(shou)。如(ru)換用不同(tong)的(de)(de)激(ji)發(fa)濾(lv)片(pian)／雙色(se)束分離(li)(li)器(qi)(qi)／阻(zu)斷濾(lv)片(pian)的(de)(de)組合插塊，可滿足(zu)不同(tong)熒(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)反(fan)應產(chan)物(wu)(wu)(wu)的(de)(de)需(xu)要。此種熒(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)顯微鏡(jing)的(de)(de)優點是視野(ye)照(zhao)(zhao)明均勻，成像(xiang)清晰，放大(da)倍數愈(yu)大(da)熒(ying)光(guang)(guang)(guang)(guang)愈(yu)強。

透射熒光顯微鏡的優點及缺點

光(guang)源(yuan)：高壓汞燈(deng)或(huo)鹵(lu)素燈(deng)。

聚(ju)光鏡(jing)：使用暗(an)場(chang)聚(ju)光鏡(jing)，使激發光和熒光分(fen)離出來。

物(wu)鏡：可用任(ren)何(he)種類的(de)物(wu)鏡。

標(biao)本：因為是透(tou)射觀察，薄的標(biao)本比較適合。

優(you)點：①由(you)于用(yong)了暗(an)(an)場聚光(guang)鏡(jing)，激發光(guang)不(bu)能進入(ru)物鏡(jing)，因此(ci)容易形(xing)成暗(an)(an)的背(bei)景，得到良(liang)好的反(fan)差，且任何物鏡(jing)都可用(yong)于觀察。②用(yong)低倍物鏡(jing)時，比(bi)反(fan)射熒光(guang)顯微鏡(jing)更亮(liang)。

缺點：必須(xu)正確(que)調整(zheng)聚光(guang)(guang)鏡(jing)中心和高度，否則不能(neng)獲得(de)明亮的熒(ying)光(guang)(guang)像。由于暗視場聚光(guang)(guang)鏡(jing)焦距限(xian)制，不能(neng)使(shi)用厚的載(zai)玻(bo)片。視場照明區(qu)不能(neng)過(guo)大，否則容易使(shi)熒(ying)光(guang)(guang)標本熒(ying)光(guang)(guang)色衰褪。厚的或不透明的標本不適用。

反射熒光顯微鏡的優點及缺點
光源：高壓汞燈或鹵素燈。

聚(ju)光(guang)鏡(jing)(jing)：因為(wei)物鏡(jing)(jing)作為(wei)聚(ju)光(guang)鏡(jing)(jing)，所以(yi)不需要(yao)聚(ju)光(guang)鏡(jing)(jing)。

物鏡：所(suo)用物鏡必(bi)須(xu)能透過足(zu)夠(gou)的紫外光，而且本(ben)身(shen)不產生(sheng)熒光，對數值孔徑沒有限(xian)制。

標本：厚(hou)的標本或不透明的標本都(dou)能(neng)觀察。

優點：①由于物(wu)鏡(jing)兼作聚光(guang)鏡(jing)，不(bu)(bu)需要(yao)很(hen)多調節。②采用柯(ke)拉照明法(fa)(fa)，可利用孔(kong)徑(jing)光(guang)闌和(he)視場光(guang)闌的(de)效果(guo)。③物(wu)鏡(jing)數值孔(kong)徑(jing)不(bu)(bu)受限制，在高放大倍率(lv)時(shi)，也(ye)(ye)可以獲得高分(fen)辨(bian)率(lv)的(de)像。④厚的(de)或不(bu)(bu)透明的(de)標(biao)本也(ye)(ye)能觀察(cha)，厚的(de)蓋玻片也(ye)(ye)能使用。⑤其它觀察(cha)法(fa)(fa)也(ye)(ye)能與反射(she)(she)熒(ying)(ying)光(guang)結合使用，特別和(he)相差法(fa)(fa)和(he)透射(she)(she)微分(fen)干涉差法(fa)(fa)相結合。⑥可以避免不(bu)(bu)必要(yao)的(de)熒(ying)(ying)光(guang)色衰(shuai)褪現象。

缺點：在(zai)用地倍率物鏡時，像比(bi)較暗，因此必須用大數(shu)值孔徑的(de)物鏡。濾光鏡系統必須有效地分離開激發光和(he)熒光。